（一）办公室

负责机关政务工作；负责文电、会务、机要、档案、电子政务、安全保卫、行政后勤服务等机关日常运转工作；承担政务信息、信访、议案、建议、提案、保密和政府信息公开等工作；负责机关及所属单位的党群、机构编制、队伍建设和离退休等工作；承担机关和下属单位重要事项的组织和督查工作；受理群众举报、投诉并监督办理。

（二）法制与宣教科

负责机关推进依法行政综合工作；开展环境保护领域综合性问题的调研，牵头起草有关规范性文件；负责行政执法工作的监督、指导和协调；承办行政应诉、规范性文件的合法性审核与备案等事项；综合协调行政许可事项，负责行政事业性收费项目和标准的申报工作；拟订实施环境保护宣传教育工作规划；组织社会各界广泛开展环境保护宣传活动，推动公众和非政府组织参与环境保护；指导全市乡镇环保队伍建设。

（三）行政服务科

集中受理涉及环境保护许可事项，负责驻行政服务中心窗口的运行管理；负责行政许可政策、法规的咨询和窗口宣传工作；负责行政许可业务资料、档案的收集、归档；对建设项目环境保护“三同时”情况进行督促检查、核准验收；监督管理环境影响评价机构资质和职业资格；提出区域限批、流域限批和行业限批建议并组织实施；负责环境影响后评价工作。流程业务接受法制与宣传科指导。

（四）综合计划科（挂“环境监测科”牌子）

参与编制国民经济与社会发展规划；编制环境功能区划、环境保护规划；协调审核环境保护专项规划，编制地表水环境功能区划、流域环境保护规划；提出环境保护领域固定资产投资规模和方向、财政性资金安排建议；负责自然生态保护工作。编制实施重要生态功能区保护规划；协调生物多样性保护、生物遗传资源保护、农村生态环境保护工作；开展生态环境质量状况评估，指导和协调生态创建工作；监督生物技术环境安全；开展农村环境保护综合整治工作；发布全市环境状况公报；调查评估全市环境质量状况并进行预测预警，建设和管理全市环境监测网；承担环境统计工作；负责环境保护社会表彰工作；具体承办市长环保目标责任制的考核工作。

（五）环境管理科（挂“污染物排放总量控制科”牌子）

实施主要污染物排放总量控制、排污许可证制度，拟订污染物总量控制和减排计划，考核总量减排情况；开展排污权交易；监管水体、大气、噪声、光、恶臭、固体废物及机动车等污染；实施跨市（县）界水体断面水质考核，开展环境资源区域补偿工作；开展强制性清洁生产审核工作；拟订实施污染防治规划；实施环境综合整治定量考核；承担太湖流域水环境质量管理和水污染防治相关工作；负责对全市范围内的化学毒品、有害废物的监督管理及越境转移管理工作。

（六）核与辐射安全监督管理科

承担核与辐射安全的管理工作。监督管理核设施、核技术应用、电磁辐射、伴有放射性矿产资源开发利用中的污染防治。参与核事故、负责放射性废弃物管理和辐射事故应急工作。

另按规定设置纪检监察机构。